Denna tjänst är ett beslutsstöd i den kliniska vardagen och endast avsedd för läkare och sjuksköterskor med förskrivningsrätt.

Virologisk diagnostik

FÖRFATTARE

Professor Magnus Lindh, Virologiska laboratoriet/SU/Sahlgrenska Universitetssjukhuset

GRANSKARE

Docent Jonas Hedlund, Infektionskliniken/Karolinska Universitetssjukhuset Solna

UPPDATERAD

2021-03-07

SPECIALITET
INNEHÅLL

 

BAKGRUND


Tidigare baserades virusdiagnostik på virusisolering/odling, antikroppspåvisning och direktpåvisning av virusantigen. Nu påvisas virusinfektioner oftast med molekylärbiologiska metoder.

 

 

VIRUSISOLERING/ODLING

 

  • Görs i cellkultur eftersom virus replikerar intracellulärt.
     
  • Begränsad sensitivitet. Fungerar ganska väl för herpes simplexvirus, hiv, varicella-zostervirus, influensavirus coxsackie/echovirus, adenovirus och CMV.
     
  • Relativt arbetskrävande. Ger resultat efter 1-7 dagar.
     
  • Har nästan försvunnit från rutindiagnostiken

 

 

 

ANTIKROPPSPÅVISNING 

 

  • Antikroppar mot virus kan påvisas i serum (eller plasma) eller cerebrospinalvätska.
     
  • IgM kan påvisas efter 5-10 dagars infektion, kvarstår upp till ett halvår. Ofta relativt svag reaktion, ibland med osäker specificitet.
     
  • IgG kan påvisas 1-6 veckor efter insjuknandet, kvarstår flera år, livslångt för virus som finns kvar latent.
     
  • Aktuell infektion påvisas med IgM, eller med serokonversion eller en signifikant titerstegring av IgG i konvalescentprov (taget 3-4 veckor efter insjuknandet) jämfört med tidigare prov (taget före eller tidigt efter insjuknandet).
     
  • IgG undersöks också för att bedöma immunitet mot olika agens och vid transplantation för att bedöma serostatus (avseende CMV och EBV) hos donator och recipient.
     
  • CNS-infektioner bedöms genom jämförelse av IgG-nivåerna i serum och cerebrospinalvätska; förhöjd kvot kan tyda på intratekal antikroppsproduktion.

 


Metodik
 

  • EIA, ELISA, kemiluminescens: provet (antikroppar) inkuberas med antigen; reaktionen påvisas genom färgomslag.
     
  • Immunfluorescens: provet inkuberas med celler som infekterats med virus. Avläses i mikroskop, vilket gör att antikroppsreaktionens specificitet kan bedömas bättre än i ELISA.

 

 

 

DIREKTPÅVISNING AV VIRUSANTIGEN

 

  • Virusproteiner påvisas i blod, nasofarynxsekret, BAL-sköljvätska eller feces.
     
  • Till exempel för:
    - SARS-CoV2
    - Hepatit B (HBsAg, HBeAg), hepatit C (coreantigen), och hiv (p24-antigen).
    - Influensavirus och RSV i nasofarynxsekret.
    - Rotavirus i feces.
     
  • Flera av dessa tester är snabba och enkla och har relativt god tillförlitlighet.

 

 

 

MOLEKYLÄRBIOLOGISK DIAGNOSTIK

 

  • Påvisande av virusnukleinsyra, främst med PCR (polymerase chain reaction)-teknik.
     
  • Hög sensitivitet, hög specificitet, möjlighet till svar samma dag.
     
  • Med PCR eller TMA (transkriptionsmedierad amplifiering) kan så lite som 1-10 viruskopior per reaktion påvisas (≈ 50-500 kopior/ml prov).
     
  • Olikheter mellan virusstammarna (mutationer) kan störa sensitiviteten.

 


Sekvensering och typning
 
PCR-produkten kan undersökas vidare med t ex hybridisering eller sekvensering för att undersöka olikheter mellan virusstammar. Dessa tekniker används för att genotypa virus, påvisa antiviral resistens och vid utredning av smittspridning.

Sekvensering görs i regel efter amplifiering med PCR. Hittills har främst Sangersekvensering använts. Sangersekvensering är ganska enkel att göra, men har begränsningar i omfång (sekvenslängd) och djup (hur små fraktioner med en mutation som kan påvisas).

Ny sekvenseringsteknik (”next generation”, NGS) kan analysera PCR-produkter av virusnukleinsyra mer effektivt och med större djup. Detta har fått stort genomslag vid storskalig sekvensering av SARS-CoV2. Dessutom kan man använda NGS för att leta efter sjukdomsorsakande virus förutsättningslöst, utan föregående PCR, men detta är ännu i utvecklingsstadium.


Kvantitativ PCR
 

  • Vid realtids-PCR detekteras PCR-produkten kontinuerligt genom avläsning av fluorescens; viruskoncentrationen i provet beräknas genom att jämföra i vilken amplifieringscykel fluorescensen i ett okänt prov respektive en kontroll med känd koncentration av mål-DNA når ett tröskelvärde.
     
  • Realtids-PCR medger snabb diagnostik och brett kvantifieringsomfång. Fluorescensen stammar i regel från prober som binder till PCR-produkten (t ex TaqMan-prober), vilket också ger hög specificitet.
     
  • Kvantifiering av virus besvaras med fördel som log-enhet (log IU/mL, log-kopior/mL) på samma vis som vätejonkoncentration anges logaritmiskt som pH-värde.

 

 

Digital-PCR
 

  • Vid digital-PCR görs amplifieringen i tusentals separerade PCR-reaktioner i nanoformat, vanligen i oljedroppar eller chip. Efter reaktionen avläses hur stor andel av dropparna som uppvisar positiv eller negativ reaktion. Med ledning av andelen negativa droppar kan koncentrationen av målgenen i provet beräknas med högre säkerhet än vid realtids-PCR.
     
  • Metoden lämpar sig inte till kvantifiering av höga koncentrationer.
     
  • Digital-PCR kan även användas för att påvisa små fraktioner med mutationer.
     
  • Metodens användning inom mikrobiologin är ännu oklar.

 


Snabb-PCR

Instrument som integrerar nukleinsyraextraktion och amplifiering möjliggör snabb påvisning av virus med hög känslighet. Vissa instrument (t ex FilmArray, QIAstat-Dx) kan analysera breda paneler av virus (och bakterier) som orsakar luftvägsinfektion, gastroenterit eller CNS-infektion, andra (t ex Genexpert, Simplexa) fokuserar på de viktigaste patogenerna, särskilt SARS-CoV2, influensa, RSV och calicivirus. Eftersom resultat kan erhållas redan inom en timma kan dessa analyser användas för att ge underlag för antiviral behandling eller beslut om hur patienter ska vårdas. De har därför fått ökande klinisk betydelse.


 

MOLEKYLÄR DIAGNOSTIK AV VISSA VIRUS

 

COVID-19 (SARS-CoV2)

 

Orsakar övre och nedre luftvägsinfektion med milda eller allvarliga symtom som debuterar ca 4-5 (2-14) dagar efter smitta.


Påvisning av SARS-CoV2-RNA

  • Prov från övre (nasofarynx, näsa, svalg, saliv) eller nedre luftvägar.

  • Självprovtagning med prov från svalg, näsa och saliv ger tillförlitliga resultat.

  • Påvisas från ca 3-4 dagar efter smitta, ofta med mycket höga nivåer de första dagarna. Kan försvinna efter en vecka eller kvarstå i en månad eller mer.

  • Görs vanligen med realtids-PCR som genererar ett s k Ct-värde som ger indikation om virusmängden i provet.

  • Vid klinisk misstanke om covid-19 och negativ PCR i prov från övre luftvägarna bör även prov från nedre luftvägarna analyseras.

  • Smittrisken är troligen knuten till Ct-värdet: Ct under 20 innebär hög smittrisk, Ct över 30 låg smittrisk.

  • Antigentester som påvisar virusets nukleokapsidprotein i nässekret kan ge svar efter ca 15 minuter. De har ca 100 gånger lägre sensitivitet än PCR; detektionsgränsen motsvarar ett Ct-värde ≈ 30 vid PCR.

  • Snabbtest (svar inom 15 minuter) baserade på påvisning av SARS-CoV2-RNA med isoterm amplifiering tycks ha god prestanda.

 

 

Sekvensering av SARS-CoV2-RNA

 

  • Kan användas i utvalda fall för att för att utreda smittsamband och reinfektion.

  • Eftersom den genetiska variationen är relativt liten behöver man sekvensera hela virusgenomet (ca 30 000 nukleotider).

  • Användning av parallellsekvenseringsteknik (NGS) har möjliggjort sekvensering av hela virusgenomet från tusentals prover.

  • Görs på Folkhälsomyndigheten och vissa andra laboratorier.

 

Se PM - Covid-19, diagnostik

 

 

 

HEPATIT B
 

HBV infekterar leverceller i vilka en variant av virusgenomet (s k cccDNA) finns i cellkärnan och utgör mall för replikation och proteinsyntes. Detta cccDNA finns kvar hela livet i låg mängd, ofta även efter klinisk utläkning (när HBsAg försvunnit).

 


Kvantitativ HBV-DNA-bestämning i serum är av värde för:
 

  • Före behandling. HBeAg-positiva patienter med mycket hög koncentration (> 100 milj IU/m) svarar dåligt på interferon-alfa vilket kan vara vägledande vid ställningstagande till behandling.
     
  • Bedömning av terapieffekt vid behandling med antivirala droger såsom entecavir och tenofovir.
     
  • Prognosbedömning och selektion av patienter för behandling. HBeAg-negativa patienter med HBV-DNA över 20 000-200 000 IU/ml har oftare ett progressivt förlopp och behöver ofta behandling. Patienter med låga nivåer (< 2000 IU/ml) är vanligen friska bärare med gynnsamt förlopp (lågaktiv infektion), medan nivåer mellan 2000 och 20 000 IU/mL utgör en gråzon där en mindre andel behöver utredas vidare och ibland behandlas.
     
  • Bedömning av smittsamhet. En patient med 100 miljoner IU/ml serum är mycket mer smittsam än en med < 5000 IU/ml. Hur stor smittrisken vid respektive nivå är vid t ex sexuell kontakt är dock ännu okänt och det är oklart om HBV-kvantifiering kan användas för att individualisera smittskyddsdirektiven.

    1 IU/ml motsvarar ca 5 kopior/ml.

 

 

Resistensanalys av HBV
 

  • Vid antiviral behandling med nukleosidanaloger tenofovir och entecavir är risken för resistensutveckling mycket låg. Resistens misstänks om HBV-DNA-nivån efter att ha sjunkit ånyo stiger med > 1 log och förklaringen inte är bristande följsamhet. I dessa fall rekommenderas analys avseende resistensmutationer i RT-delen av polymerasgenen.
     
  • Analys avseende resistensmutationer görs vanligen med PCR och efterföljande sekvensering.

 

 

Genotypning av HBV

  • Det finns 9 etablerade genotyper, A-I, vilka skiljer sig ca 8-15 % avseende nukleotidsekvens.
     
  • I Sverige har ursprungligen genotyp A varit dominerande, men genom injektionsbruk av droger och genom invandring förekommer numera nästan alla typer.
     
  • Jämförelse av de östasiatiska genotyperna B och C (som står för > 75 % av alla fall av hepatit B i världen) har visat att genotyp C är mer svårbehandlad och har ett allvarligare förlopp. Infektion med genotyp A och i viss mån B tycks svara bättre på interferonbehandling. Genotypning rekommenderas inför behandling och kan vara av värde för bedömning av prognosen, särskilt för patienter av östasiatiskt ursprung.
     
  • Genotypning kan vara av värde vid smittspårning och bedömning av utbrott av hepatit B.
     
  • Genotypning görs med PCR och efterföljande sekvensering eller med realtids-PCR.

 

Se PM - Hepatit B - kronisk utredning

 

 

 

HEPATIT C

 

  • HCV-infektion blir i regel kronisk, ca 30 % av de smittade läker ut inom några månader – HCV försvinner då helt (latent form finns inte).
     
  • Antikroppar mot HCV utvecklas vid såväl kronisk som övergående infektion. Påvisande av HCV-RNA används för att bedöma om HCV-infektionen läkt ut eller blivit kronisk. Eftersom de flesta blir kroniska används HCV-RNA direkt som konfirmationstest vid positiv anti-HCV-reaktion. Påvisande av HCV-RNA är också viktigt tidigt i förloppet (i den s k "fönsterfasen") för att påvisa HCV-infektion hos individer med dålig antikroppsproduktion (t ex dialyspatienter) eller för att upptäcka reinfektion hos patienter som haft hepatit C tidigare och vars infektion läkt ut spontant eller genom antiviral behandling.
     
  • HCV-antigenpåvisning (core) är ett alternativ till HCV-RNA för att verifiera aktiv infektion hos individer med reaktivitet i antikroppstest.

 


Kvantifiering av HCV-RNA
 

  • Behandling med hämmare av polymeras, proteas och NS5A har mycket god effekt mot alla genotyper och har få biverkningar.
     
  • HCV-RNA analyseras för att dokumentera behandlingens effekt.

 


Genotyper
 

  • Det finns 6 kända genotyper, typ 1-6, som skiljer sig med hela 30 % avseende nukleotidsekvens. Dessa är i sin tur uppdelade i subtyper.
     
  • Genotypen påverkar valet av behandling.
     
  • Genotypning görs när HCV-infektion upptäcks för att direkt kunna diskutera behandlingsmöjligheter.

 

 

Antiviral resistens
 

  • Vid kombinationsbehandling med flera antivirala medel kan risken för resistensutveckling reduceras. Resistens förekommer dock, främst sådan som reducerar effekten av NS5A-hämmare och proteashämmare, och kan i vissa fall öka risken för behandlingssvikt eller återfall. Analys avseende resistensmutationer kan därför vara motiverad.
     
  • Genetisk variation i virus kan i vissa fall öka risken för behandlingssvikt eller återfall.
     
  • Analys avseende resistens görs vanligen med sekvensering och är tillgänglig endast vid vissa laboratorier.

 

Se PM - Hepatit C - akut och kronisk

 

 

 

DELTAHEPATIT

 

  • Bara hos patienter som är HBsAg-positiva.
     
  • Misstänkes hos HBsAg-positiv med låga eller odetekterbara nivåer av HBV-DNA men tecken på fortsatt leverskada.
     
  • Alla HBsAg-bärare testas avseende deltaantikroppar som ett led i den initiala utredningen.
     
  • Om deltaantikroppar påvisas i serum, är analys av delta-RNA indicerad.
     
  • Med realtids-PCR kan effekten av behandling (interferon) följas.

 

 

 

HEPATIT A

 

  • Sprids via avföring, särskilt i länder med dålig hygien och osäker vattenkvalitet.
     
  • Individer som vaccinerats eller vuxit upp i länder endemiska för hepatit A har IgG i blodet.
     
  • Diagnosen ställs genom påvisning av IgM som i regel finns i blodet vid insjuknandet.
     
  • Påvisning av HAV-RNA med PCR är av värde för identifiering av tidiga infektioner (före symtomdebut), för att bedöma om IgM-positiva har aktiv infektion och för att med efterföljande sekvensering analysera utbrott med molekylär typning.

 

Se PM - Hepatit A - akut

 

 

 

HEPATIT E

 

  • Sprids som zoonos (från infekterade djur) eller via avföring i länder med dålig hygien och osäker vattenkvalitet.
     
  • Har visat sig relativt vanlig i Sverige att döma av seroprevalens, särskilt bland jägare.
     
  • Misstänks särskilt vid hepatit om tester avseende hepatit A-D utfaller negativa.
     
  • I första hand används serologisk diagnostik (IgG och IgM), i vissa fall kompletterad med påvisning av HEV-RNA med PCR.

 

Se PM - Hepatit E

 

 

 

HIV

 

  • Tidig hivinfektion kan bekräftas genom analys av HIV-RNA som har mycket högre sensitivitet än hivantigentestet.
     
  • Kvantitativ HIV-RNA-analys används för att följa förloppet av infektionen, ta ställning till behandling och för att bedöma effekten av behandling.
     
  • Stigande HIV-RNA-nivåer vid behandling kan tyda på resistensutveckling.
     
  • Antiviral resistens undersöks genom sekvensering av proteas- och RT-generna, och görs före och under behandling. Tolkningen kräver specialkunnande.

 

Se PM - Hiv - symtomatologi och diagnostik

 

 

 

CMV OCH EBV

 

  • CMV och EBV är vanliga; hos vuxna är seroprevalensen över 50 % respektive > 90 %.
     
  • Infektion förvärvad i vuxen ålder blir ofta symtomatisk (körtelfeber).
     
  • Både CMV och EBV kan orsaka livshotande sjukdom hos immunsupprimerade personer.
     
  • Efter organtransplantation är risken för allvarlig infektion stor hos dem som saknar antikroppar (seronegativa) och får organ från seropositiv person.
     
  • Påvisande av CMV-DNA har stor betydelse för att upptäcka infektion och styra behandling, vanligen med ganciklovir (Cymevene).
     
  • Specifik antiviral behandling mot EBV-orsakad PTLD (post transplantation lymphoproliferative disease) saknas, men EBV-DNA-bestämningar är viktiga för att identifiera patienter med risk för PTLD och för att följa effekten av reducerad immunsuppression.
     
  • Tolkningen av virusnivån beror på vilket provmaterial som analyseras (serum/plasma eller helblod (inklusive blodceller)) och är också metodberoende. Hos immunkompetenta kan virus-DNA i regel inte påvisas i serum/plasma vid latent infektion, medan det (särskilt EBV-DNA) ibland kan påvisas i helblod/blodceller. För EBV-DNA ligger nivån i helblod ca 2 log högre än i serum. För CMV-DNA är nivån i helblod endast marginellt högre än i serum. Vid primär eller reaktiverad infektion hos immunsupprimerade stiger nivån i regel till över 5-10 000 (ibland över 1 miljon) kopior/mL serum, vilket ofta är förknippat med symtom (feber, leverpåverkan, m m).
     
  • Primärinfektion av CMV eller EBV hos immunkompetenta (vanligen körtelfeber) diagnostiseras genom påvisning av IgM och/eller virus-DNA i serum, men analys avseende heterofila antikroppar (Monospot) har relativt god träffsäkerhet vid riktad misstanke om EBV-orsakad infektion. Påvisande av IgG mot kärnantigen (EBNA) är värdefullt i diagnostiken eftersom det talar emot aktuell infektion.
     
  • CMV kan överföras från mor till barn under graviditet, särskilt om mamman får primär CMV-infektion under graviditeten. CMV kan orsaka sjukdom hos fostret med skador på CNS som bl a kan orsaka dövhet. Det är viktigt att upptäcka barn som föds med kongenital CMV-infektion eftersom antiviral behandling kan förhindra fortsatt skada på CNS. Utredningen omfattar analys av CMV-DNA i prov från barnet direkt efter födseln, samt CMV-IgG/IgM i prover från mor och barn.

 

Se PM - Cytomegalovirus (CMV)

 

 

 

ADENOVIRUS (AdV)

 

  • DNA-virus, indelas i 6 genogrupper (A-F) och mer än 50 serotyper.
     
  • Kan bl a ge konjunktivit, pneumoni, gastroenterit.
     
  • Kan efter transplantation orsaka livshotande infektion.
     
  • Dokumenterat effektiv antiviral behandling saknas ännu; immunosuppressiv behandling reduceras om möjligt.
     
  • Påvisas med PCR (känsligast) eller EIA i olika provmaterial (ögonsekret, serum, feces, bronksköljvätska).

 

 

 

PARVOVIRUS B19

 

  • Litet DNA-virus som särskilt infekterar hematopoetiska celler.
     
  • Orsakar exantemsjukdom hos barn (femte sjukan). Kan orsaka ledbesvär, anemi och fosterskada.
     
  • PCR-påvisning av värde vid anemi (helblod, benmärg) och kongenital sjukdom/fosterskada; bör dock kompletteras med serologi (IgG, IgM).

 

Se PM - Erythema infectiosum (femte sjukan), Parvovirus B19

 

 

 

HERPES SIMPLEXVIRUS OCH VARICELLA-ZOSTERVIRUS

 

  • PCR-diagnostik har särskilt betydelse för att påvisa CNS-infektion (likvorprov). Används också för att påvisa och påvisa/typa HSV och VZV från blåssekret från hud eller slemhinna.
     
  • Vid misstänkt kongenital eller neonatal infektion används PCR-diagnostik för snabb detektion av CMV, HSV1 och HSV2 (samt parvovirus och toxoplasma).

 

Se PM - Herpes simplexvirus typ 1

Se PM - Herpes simplexvirus typ 2

Se PM - Varicella-zostervirus

 

 

 

POLYOMAVIRUS

 

  • De två viktigaste typerna av polyomavirus, BK-virus och JC-virus är mycket vanliga i befolkningen och orsakar vanligen inte sjukdom hos immunkompetenta. Efter organtransplantation, särskilt efter stamcellstransplantation och njurtransplantation, kan BK-virusinfektion ge problem med hemorragisk cystit och nefropati. JC-virus kan orsaka allvarlig CNS-infektion, s k progressiv multifokal leukoencefalopati (PML), vilket tidigare främst sågs vid aids, men nu är en ovanlig med viktig komplikation vid MS-behandling med natalizumab (Tysabri).

  • BK-virus och JC-virus kan med PCR-teknik påvisas (och kvantifieras) i urin, serum eller cerebrospinalvätska.

 

 

 

HUMANT PAPILLOMVIRUS (HPV)

 

  • DNA-virus som infekterar skivepitelceller. Vissa typer orsakar vanliga vårtor på händer och fötter, andra orsakar kondylom (könsvårtor).
     
  • Genital infektion med vissa typer av HPV är huvudorsaken till cervixcancer, främst subtyp 16 eller 18, i mindre grad subtyp 31, 45, 33, 35, 39, 51, 52, 56, 58, 59 och 68.
      
  • HPV-test har nyligen införts som primärscreening för kvinnor över 30 års ålder för att bättre bedöma risk för cervical dysplasi och cervixcancer.

  • HPV-test är också som ett komplement till genital cytologi bl a för bedömning av fall med svårvärderad cytologisk bild (ASCUS) och som uppföljning efter konisering.

 

 

 

ENTEROVIRUS

 

  • Enterovirus är en stor grupp av virus med flera genogrupper (A-D) och ett stort antal subtyper, med varierande tropism. Till enterovirus hör coxsackie- och echovirus.
     
  • PCR-diagnostik är av värde för att påvisa virus i cerebrospinalvätska vid meningit eller i exsudat vid perikardit eller pleurit. PCR-påvisning av enterovirus i feces är sällan av kliniskt intresse. Fecesanalys används dock för PCR-baserad polioviruspåvisning, och är viktig för övervakning av detta virus.

 

 

 

CALICIVIRUS 

 

  • Orsakar gastroenteritutbrott på institutioner och vårdavdelningar. Kan också orsaka livsmedelsrelaterade utbrott, t ex av importerade frysta bär som kontaminerats av förorenat vatten.
     
  • Baserat på genetisk variation delas calicivirus in i tre grupper, norovirus genogrupp I och II, samt sapovirus. I Sverige orsakas merparten (> 80 %) av gastroenterit förvärvad på sjukhus av norovirus genogrupp II typ 4 (GII.4).
     
  • PCR används för påvisning och typning av calicivirus-RNA i feces eller kräkningar.

 

Se PM - Vinterkräksjukan (Calicivirus)

 

 

 

ROTAVIRUS

 

  • RNA-virus som sprids med avföring och kontaminerat vatten.
     
  • Vanligaste orsaken till gastroenterit hos barn i U-länder och i Sverige.
     
  • Orsakar ibland nosokomiala utbrott av gastroenterit hos äldre.
     
  • Påvisas bäst med PCR, men relativt väl även med antigentest.
     
  • Vaccin har introducerats i många länder och kommer att minska allvarlig rotavirus-orsakad diarré, särskilt i U-länder.

 

 

 

TBE (tick-borne encephalitis)

 

  • Flavivirus (RNA) som sprids med fästingar; vanligast i Mälarregionen, men har på senare år spritt sig till stora delar av landet.

  • PCR-detektion har begränsat värde; diagnostiken baseras i första hand på IgM-påvisning i serum. 
  • För diagnostik av infektioner hos vaccinerade personer är analys av både serum och cerebrospinalvätska och av både IgM och IgG värdefull.

 

Se PM - TBE (fästingburen encefalit)

 

 

 

INFLUENSAVIRUS

 

  • RNA-virus som ger allvarliga luftvägsinfektioner, särskilt hos barn och gamla.
     
  • Typ A ger återkommande säsongsinfluensa p g a att virus gradvis förändras. De senaste decennierna har subtyperna H3N2 och H1N1 cirkulerat bland människor och givit säsongsinfluensa. Många andra subtyper, t ex H5N1, förekommer bland fåglar. Helt nya former kan uppstå genom omkastning av de 8 olika gensegmenten (reassortment). Sedan april 2009 cirkulerar en ny variant av H1N1 som uppkommit på detta sätt.
     
  • Typ B ger samma kliniska bild som typ A och är vanlig med årligen återkommande epidemier (men inte pandemier).
     
  • Specifik antiviral behandling finns, men ska insättas tidigt eller ges som profylax. Virus kan påvisas i nasofarynxprov, sputum eller bronksköljvätska.
     
  • PCR-påvisning har hög sensitivitet och möjliggör genetisk typning av virus. Antigenbaserade tester har otillfredsställande sensitivitet, men kan vara ett acceptabelt alternativ om PCR- diagnostik inte är tillgänglig.

 

Se PM - Influensa

 

 

 

RSV (respiratory syncytial virus)

 

  • RNA-virus som ger allvarliga luftvägsinfektioner, särskilt hos spädbarn, immunsupprimerade och gamla.
     
  • Ger årligen återkommande epidemier.
     
  • Säker och känslig diagnostik är av värde, bl a för att förhindra spridning på vårdavdelningar.
     
  • Virus kan påvisas i nasofarynxprov eller bronksköljvätska.
     
  • Antigenbaserade tester har otillfredsställande sensitivitet, men kan vara ett acceptabelt alternativ om PCR-diagnostik inte är tillgänglig.

 

 

 

ANDRA VIRALA LUFTVÄGSINFEKTIONER 

 

  • Ett flertal virus orsakar övre och nedre luftvägsinfektioner. Många av dem förekommer i ett stort antal subtyper och ger kortvarig eller dålig immunitet efter genomgången infektion.
     
  • Vanligast är rhinovirus som ofta orsakar lindrig förkylning men som kan ge allvarliga besvär, särskilt med obstruktiva symtom. Andra agens är coronavirus, parainfluensavirus typ 1-2-3, adenovirus, enterovirus, metapneumovirus och bocavirus.
     
  • Virus kan påvisas i nasofarynxprov, sputum eller bronksköljvätska.
     
  • Med molekylära metoder kan förekomst av en eller flera av dessa agens undersökas i en bred analys.
     
  • Värdet av sådan diagnostik debatteras, men den skulle kunna bidra till en bättre handläggning, t ex genom att minska antibiotikaförskrivningen.

 

 

 

MÄSSLING (morbilli)

 

  • RNA-virus som ger infektion i luftvägarna med systemisk spridning och risk för CNS-komplikationer.
     
  • MPR-vaccination ger i regel gott skydd, men alla barn är inte vaccinerade.
     
  • Mässlingen är en viktig orsak till allvarlig sjukdom hos barn i u-länder och förekommer alltjämt i många europeiska länder – ovaccinerade svenskar på utlandsresa kan därför smittas.
     
  • Pågående (smittsam) infektion kan identifieras genom påvisning av morbilli-RNA i nasofarynxprov, serum och urin.
     
  • Med serologisk diagnostik kan immunitet (IgG) eller aktuell infektion (IgM) påvisas.

 

Se PM - Mässling (morbilli)

 

 

 

PÅSSJUKA (parotit)

 

  • RNA-virus som ger infektion i spottkörtlarna. Ibland spridning till testiklar (orkit) eller CNS (meningit).
     
  • MPR-vaccination ger i regel gott skydd, och infektionen är nu ovanlig även om alla barn inte är vaccinerade.
     
  • Pågående (smittsam) infektion kan identifieras genom påvisning av parotit-RNA i saliv (första veckan) och/eller urin (även efter första veckan).
     
  • Med serologisk diagnostik kan immunitet (IgG) eller aktuell infektion (IgM) påvisas.

 

Se PM - Påssjuka - Parotit

 

 

 

PROVTAGNING

 

Provmaterial

Provmaterial Testmetoder Virus av särskilt intresse
Serum/Plasma IgG, IgM, PCR  
EDTA-blod (med celler) PCR CMV, EBV, parvovirus
Cerebrospinalvätska IgG, PCR Herpesgruppen, enterovirus, TBE
Feces PCR, (antigen) Rota, adeno, astro, calicivirus
Kräkning PCR Calicivirus
Urin PCR HSV1, HSV2, BKV, CMV
Nasofarynxprov PCR, (antigen) SARS-CoV2, RSV, influensavirus, PIV
BAL (bronkoskopiprov) PCR, (antigen) CMV, HSV1, influensa, RSV, adenovirus
Blåssekret PCR, (odling) HSV1, HSV2, VZV
Konjunktivalprov PCR, (odling) HSV1, adenovirus, VZV
Glaskroppsprov PCR CMV, HSV1
Genitalt cellprov PCR HPV

 

  • Antigentest och PCR fungerar även om provet lagrats längre, men upprepad frysning/tining kan försämra känsligheten vid PCR.
     
  • Nasofarynxprov kan tas med pinne (helst ”flocked swab”, inte kolad pinne!) eller vara nässköljprov.
     
  • Blåssekret (HSV, VZV) tas med bomullspinne som skrapas mot blåsbotten och sätts i ca 1 ml fys NaCl eller transportmedium.
     
  • EDTA-blod för PCR kan analyseras efter lysering av cellerna för att påvisa även intracellulärt virus-DNA (helblod).
     
  • Analys av biopsi bör diskuteras med labb före provtagning.

 

 

Diagnostik vid vissa tillstånd
 

Tillstånd Virus av intresse Lämpliga testmetoder
Bronkiolit RSV, metapeumovirus Antigentest (RSV), PCR (NPH)
Bältros VZV IgG, helst parade prov (stiger ofta till mycket höga nivåer), IgM (ej alltid), PCR (blåssekret)
CNS-infektion

HSV1, HSV2, VZV, EBV, CMV, Enterovirus, influensa, TBE

IgG (serum/CSF), IgM (serum), PCR (CSF)

Covid-19

SARS-CoV2

Antigentest, PCR, IgG

Gastroenterit Calicivirus (norovirus GI/GII, sapovirus)
Rotavirus
Adenovirus
Astrovirus
PCR
Genital herpes HSV 1, HSV 2 (ca 50 % vardera!) PCR (blåsskrap), IgG, helst typspecifik analys (om blåsor saknas), IgM (vid primärinfektion)
Hepatit HAV
HBV


HCV
Deltavirus
HEV
CMV, EBV
Anti-HAV IgG/IgM
HBsAg, anti-HBc, anti-HBs, HBeAg, anti-HBe, HBV-DNA, anti-HBc IgM

Anti-HCV, HCV-RNA, HCV-coreantigen
anti-delta, HDV-RNA
IgG, IgM, HEV-RNA (PCR)
Se nedan under mononukleos
Kongenital/perinatal infektion CMV, HSV1, HSV2, HHV6, Parvovirus
(Toxoplasma)
IgM, PCR (och IgG/IgM hos mamman, helst i parade prov, MVC resp partus!)
Mononukleos EBV
CMV
Hiv
EBNA-IgG, EBV-DNA, VCA-IgM
CMV-DNA, IgM
Anti-HIV, HIV-antigen, HIV-RNA
Myokardit Enterovirus, EBV, CMV, adenovirus IgG, IgM, PCR (serum, exsudat)
Mässling Morbillivirus IgG, IgM, PCR (NPH, urin)
Nefropatia epidemica Pumulavirus IgM
Opportunistinfektion vid immunsuppression CMV, EBV, HSV, adenovirus, polyomavirus IgG, IgM, PCR
Stickincident HBV, HCV, Hiv Den exponerade: HBsAg, anti-HCV, anti-HIV; vid händelsen (noll-prov), och efter 6 månader (ev även efter 3 mån), ev anti-HBs vid händelsen för att bedöma immunitet + efter ev vaccination

Möjliga smittkällan: HBsAg, anti-HCV, anti-HIV; i undantagsfall PCR.

Metodik kan i viss mån skilja sig mellan olika laboratorier.

 

 

 

VIROLOGISKA LABORATORIER

 

Sahlgrenska Universitetssjukhuset, Göteborg, 031-342 10 00
Karolinska Universitetssjukhuset, Solna, 08-517 700 00
Karolinska Universitetssjukhus, Huddinge, Stockholm, 08 - 585 800 00
Akademiska Sjukhuset, Uppsala, 018-611 00 00
Skånes universitetssjukhus, Malmö, 040-33 10 00
Norrlands universitetssjukhus, Umeå, 090-785 00 00
Universitetssjukhuset, Örebro, 019-602 13 11

Folkhälsomyndigheten, Stockholm, 010-205 20 00, erbjuder numera begränsad virologisk diagnostik.

Virologisk diagnostik utförs också vid mikrobiologiska laboratorier på region- och länssjukhus.

 

ICD-10

Påssjuka utan komplikation B26.9
Mononukleos orsakad av Epstein-Barr-virus B27.0
Adenovirusinfektion, ospecificerad lokalisation B34.0
Enterovirusinfektion, ospecificerad lokalisation B34.1
Parvovirusinfektion, ospecificerad lokalisation B34.3
Virusinfektion, ospecificerad B34.9
Andra specificerade cytomegalvirusinfektioner B25.8
Cytomegalvirussjukdom, ospecificerad B25.9
Icke specificerad sjukdom orsakad av humant immunbristvirus B24.9
Pneumoni orsakad av respiratoriskt syncytialvirus J12.1
Akut bronkiolit orsakad av respiratoriskt syncytialvirus J21.0
Mässling utan komplikation B05.9
Herpes simplex-infektion, ospecificerad B00.9
Vattkoppor utan komplikation B01.9
Akut hepatit C B17.1
Akut hepatit B utan hepatit D, utan leverkoma B16.9
Akut hepatit E B17.2
Akut hepatit B med hepatit D utan leverkoma B16.1
Akut hepatit B utan hepatit D med leverkoma B16.2
Akut hepatit B med hepatit D med leverkoma B16.0
Hepatit A utan leverkoma B15.9
Hepatit A med leverkoma B15.0
Centraleuropeisk encefalit överförd av fästingar A84.1
Papillomvirus som orsak till sjukdomar som klassificeras i andra kapitel B97.7
Kronisk hepatit C B18.2
Enterit orsakad av rotavirus A08.0
Akut gastroenteropati orsakad av Norwalk-faktor A08.1
Covid-19 (virus identifierat) U07.1

 

COPYRIGHT © INTERNETMEDICIN AB

Kommentera >>

Tack för din kommentar!


Prenumerera på våra nyhetsbrev